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ATAC-Seq 實驗操作指南---02 ATAC-Seq 基本操作流程
發布時間： 2025-01-08 點擊次數： 1833次02 ATAC-seq 基本操作流程
本產品適用于哺乳動物細胞的染色質可及性／開放性研究，針對的細胞投入量為100-100,000個。
必須具備的材料
1、ATAC-Seq建庫試劑盒
Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina (Vazyme #TD711)
2、建庫接頭
單端96種接頭（每個貨號對應24種接頭）：
TruePrep Index Kit V4 for Illumina (Vazyme #TD204/TD205/TD206/TD207)
雙端96種接頭：
TruePrep Index Kit V2 for Illumina (Vazyme #TD202)
雙端384接頭：
TruePrep Index Kit V3 for lllumina (Vazyme #TD203)
3、其他
Qubit 試劑（Vazyme #EQ121）、PCR儀、磁力架、低吸附EP管、PCR管、無水乙醇
注意事項：
6、擴增產物片段分選
推薦使用ATAC DNA Clean Beads對擴增產物進行兩步法片段分選，分選方案為0.55x／1.2x。
（1）渦旋振蕩混勻ATAC DNA Clean Beads并吸取33 μl（0.55x）至60μl PCR產物中，渦旋振蕩或使用移液器吹打10次充分混勻，室溫孵育5min。
（2）將反應管短暫離心并置于磁力架上，使磁珠與液體分離，待溶液澄清后（約5min）小心轉移88μl上清（上清體積＝總體積93-5μl）至新的滅菌PCR管中，丟棄磁珠。
（3）渦旋振蕩混勻ATAC DNA Clean Beads 并吸取72μl（1.2x）至上清中，渦旋振蕩或使用移液器吹打10次充分混勻，室溫孵育5min。
（4）將反應管短暫離心并置于磁力架上，使磁珠與液體分離，待溶液澄清后（約5min）小心移除上清。
（5）保持反應管始終置于磁力架上，加入200μl新鮮配制的80％乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30sec，小心移除上清。
（6）重復步驟5，總計漂洗兩次。
（7）保持反應管始終置于磁力架上，開蓋空氣干燥約5min。
（8）將反應管從磁力架上取出，加入22 μl Nuclease-free ddH2O洗脫。渦旋振蕩或使用移液器吹打10次充分混勻，室溫孵育5min。
（9）將反應管短暫離心并置于磁力架上，使磁珠與液體分離，待溶液澄清后（約5min）小心吸取20μl上清至新的滅菌PCR管中，-30～-15℃條件下保存。
7、文庫質控
1、用Qubit儀器和對應的試劑測文庫濃度
2、安捷倫2100檢測文庫片段分布
測序技術參數推薦
1、測序策略：lllumina平臺，MGI平臺，PE 150
2、推薦數據量：開放染色質區域的差異鑒定，不低于30M reads／樣本
ATAC-seq 技術關鍵
樣本準備
細胞活性
建議細胞活性＞90％，可以使用臺盼藍染色，進行細胞活力檢測；實驗過程中對細胞的操作應盡量輕柔，以保持細胞的活性。生長狀態不佳或死亡的細胞中，蛋白質與DNA結合的狀態會發生改變，甚至蛋白脫落，變成裸露的DNA，轉座子隨機切割可能產生較強的背景噪音，影響實驗結果。
細胞投入量與擴增循環數
受樣本類型的影響，實驗中可兼容的細胞投入量并不是固定的，早期實驗建議投入50,000-100,000個細胞。
文庫產出只要滿足上機需求即可，無需未來獲得更高的文庫產量而設置過高的擴增循環數，循環數過多會導致過度擴增、偏好性增加、重復度增加、嵌合產物增加、擴增突變積累等多種不良后果。
特殊樣本流程
特殊樣本流程摘要
特殊樣本的核提取以及操作流程可參考以下文獻
安培生物致力成為推動生命科學進步值得信賴的合作者
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